实验教学中心是校、院两级管理的实体机构，实行中心主任负责制，现设中心主任1 名，平台主任 4 名。中心主任由学校分管教学副校长担任，全面主持中心的实验教学和实验室管理工作。
    中心下设4个实验平台，分别是医学检验技术实验教学平台、医学实验技术实验教学平台、康复治疗技术实验教学平台、卫生检验与检疫技术实验教学平台，由4位依托学院院长或副院长兼任，具体分管所在实验室的各项工作。
    1.保障制度
    为保障教学质量，中心建立健全各项实验教学规章制度，严格管理，建立和完善质量监控体系，在学校的指导下成立了院级教学指导委员会，对专业设置、培养计划、教学大纲、课程建设、教材建设、师资培养、教学改革、教学质量评估等办学中的重大问题进行咨询和指导。成立校、院两级教学管理督导专家组，完善教学督导的职能，对带教教师的水平和特点进行评判。教学管理部门定期开展检查性听课，教研室教师开展同行评价，促进教学质量的提高。
学校及中心制定一系列教学质量保障相关的制度：

1.重庆医科大学实验教学工作规范
2.重庆医科大学实验教学管理规定及补充规定
3.重庆医科大学实验教学及教学实验室管理规章制度汇编
4.重庆医科大学关于进一步加强本科实验教学工作的若干意见
5.重庆医科大学实验教学大纲编写规范（试行）
6.关于印发《重庆医科大学（辅助）教学课程管理办法》的通知
7.重庆医科大学课堂教学质量评价管理办法
8.重庆医科大学教学督导工作条例
9.重庆医科大学教学督导工作细则（试行）
10.重庆医科大学教学事故认定与处理办法

     为保障实验教学质量稳步提高和规范实验教学管理，学校制定了《重庆医科大学实验教学管理中心实验室管理条例》、《重庆医科大学实验教学管理中心实验室安全管理办法》、《重庆医科大学实验教学管理中心实验室消防安全制度》、《重庆医科大学实验教学管理中心实验室开放管理暂行办法》等相关规定。
中心根据专业实际，规范内部管理，中心制定专门的实验室岗位设置、人员职责，学生实验守则，仪器设备维护管理，实验室安全管理，实验室开放，实验室环境卫生等建立一整套规章制度，制定成册《重庆医科大学医学技术实验教学中心实验教学及教学实验室管理文件汇编》。
    2.运行经费保障
    实验教学运行经费投入已实现制度化。严格执行学校财务制度，学校划拨的实验运行经费全额投入，以保证实验室的日常运行及设备的维护和更新。学校将实验教学摆在与理论教学同等重要的地位，在经费紧张的情况下，提供其正常运转、维修及更新改造经费，用于维持开放实验室的运行和管理。近五年，学校通过各级重点学科和重点实验室、中央与地方共建高等学校专项基金、重庆市财政部门的资金支持等多种投资渠道，对实验教学中心的硬件建设和实验室环境改造的资金投入累积合计2010万元，设备总资产已达1253万元，极大地改善了中心实验教学条件。近5年来拨付的教学运行经费为575万元，年均115万元。